I Dyrehaven findes bl.a. Kirkemosen, som er en fredet højmose, med en helt speciel næringsfattig jordbund. Dette giver grobund for en del sjældne plantarter. Det er dog ikke alle, der respekterer færdelsforbuddet i mosen, hvilket (udover at udgøre en fare for at synke i mosen) er imod både den frivillige landskabsfredning og naturbeskyttelsloven. Det er trist, at visse skovgæster og plantesamlere driver rov på den meget sårbare lokalitet, som naturen har været tusindvis af år om at opbygge. I Kirkemosen udføres naturpleje i samarbejde med Roskilde Amt, hvor der bl.a. fjernes træopvækst i mosen, som er med til at true mosens unikke særpræg.
Skoven er åben for almindelig færdsel til fods på veje og stier i dagtimerne (og på cykel på de befæstede stier). Desuden er den indhegnede del af Dyrehaven åben for færdsel som følge af den frivillige landskabsfredning fra 1958. (Der var dog også før 1958 åbent for færdsel).
Dyrehaven anvendes til oplevelser både for den almindelige skovgæst, og desuden til arrangementer, som kræver særlig tilladelse. Her kan som eksempler nævnes, at
to børnehaver har deres daglige gang i skoven,
Bramsnæsvigskolen har mange aktiviteter,
der er en del firmaerarrangemanter med teambuilding, træklatring, brobygning og meget andet
der har været en del filmoptagelser (se mere om filmene
her).